La Dirección de Control Interno, tiene un carácter de asesor del Alcalde y de todos los Departamentos y Unidades que lo componen.

Las funciones que debe cumplir o ejercer la Unidad de Control interno, es procurar la máxima eficiencia administrativa interna en el marco de las normas legales vigentes; fiscalizando la legalidad y eficiencia operativa y presupuestaria en la actuación interna de la Municipalidad a través de auditorías y fiscalizaciones en pos de la legalidad de los actos, cautelando el cumplimiento de contratos y convenios, con autonomía en la realización de su gestión.

Entre las principales Funciones a ejercer por la Unidad de Control, se destacan las siguientes:  

1.-Realizar auditoría interna y controles de la Municipalidad con el objeto de fiscalizar la legalidad y eficiencia de su actuación.

2.-Emitir un informe trimestral acerca del estado de avance del ejercicio programático presupuestario para conocimiento del Alcalde y el Concejo Municipal.

3.-Emitir un informe trimestral del comportamiento del Fondo Común Municipal, pago de cotizaciones previsionales y cumplimiento pago asignación de perfeccionamiento docente.

4.-Representar al Alcalde los actos municipales cuando los estime ilegales, informando de ello al Concejo, para cuyo objetivo tendrá acceso a toda la documentación pertinente.

5.-Supervisar y controlar el cumplimiento de las normas organizativas, sistemas y procedimientos de trabajo.

6.-Atender los requerimientos que le formule la Contraloría general de la República, de la que depende técnicamente.

7.-Recomendar mejoramientos específicos a los procedimientos administrativos, para optimizar la ejecución de las tareas y el control interno.

8.-Cumplir las demás funciones que la Ley y el alcalde le encomienden. ;